はい。サーバーOSもyaraiの保護対象となります。詳細はカスタマーサイトよりシステム要件を参照してください。

FFRI_yarai_システム要件ガイド

【FFRI yaraiをサーバーで利用する際の注意点】

yarai はヒューリスティックな検知エンジンを搭載しているため、正常なアプリケーションや、OSの動作を検知/ブロックする可能性があります。また、プログラムの常駐監視を行うため、業務システムによっては何らかの影響を受ける可能性も考えられます。yaraiの検知エンジンはクライアントに最適化されています。サーバーに導入する際は、遅延/負荷/過検知/競合等、既存のシステムに影響が無いことを確認するために事前検証を行っていただくことを推奨しています。